病理科由小儿外科病理诊断，胃肠活检病理诊断，细胞学病理诊断，免疫组织化学病理诊断等组成。科室的年外检量达5000多例，现有工作人员7名，其中高级职称1名，中级职称2名。

科室不断引进新技术、新设备，现有自动脱水机、石蜡包埋机、石蜡切片机、诊断显微镜等，开展活体组织病理检查、组织化学染色、免疫组织化学染色等项目检查，在西北儿童病理诊断方面享有较高的知名度，并形成了自己的特色和优势。

近五年来科室主持省自然科学基金课题1项，参加院级课题4项，发表SCI论文5篇，国内论文10篇。