传染科于1979年独立设置，2012年更名为感染科。目前是全省唯一的儿童感染性疾病专科，陕西省唯一达到国家感染科高标准配置的儿童感染病房，有独立的感染门诊和感染ICU病房，是陕西省唯一的儿童手足口病重症、危重症、甲型流感及肾综合征出血热重症定点救治单位，陕西省手足口病救治中心，陕西省儿童肝病诊治中心、儿童肝病学组组长单位和省、市级小儿传染病重点学科，国家级重点专科，在儿童感染性疾病的诊治和防控方面具有不可替代的作用。

感染科二病区开展了有创及无创机械通气技术、超声引导下肝脏穿刺活检术等多种先进技术，填补了省内乃至西北地区在本专业内的空白，尤其在儿童罕见、疑难肝病，危重型手足口病的救治方面达到国内领先水平。获得多项科研课题立项。感染科二病区作为我院感染MDT组长科室，对病原微生物的诊断及抗生素的合理使用有较丰富的临床经验。同时科室成员对儿童病毒性肝炎及不明原因肝病有较高的诊治水平。科室先后被授予市级“青年文明号”、“先进集体”、“模范示范岗”、“感动患者健康卫士”、“营商环境提升青年示范岗”、“先进教学科室”、“西安市卫健委优质护理服务团队”等荣誉称号。

感染科二病区拥有主任医师1名、副主任医师2名、主治医师5名、住院医师4名，其中硕士7名，在读博士3名，高级生命支持导师1名，硕士研究生导师1名。多人兼任全国、省、市学会的常委及委员。附设的专科门诊——由主任医师、副主任医师及科室高年资主治医师坐诊，住院病房内设置病床65张，每年收治感染性疾病及肝病患者3500余例。