西安市儿童医院新生儿外科于2007年建科，是西北地区唯一新生儿外科专科病区，诊疗范围以先天性结构畸形疾病为主，在新生儿外科常见、多发病具有丰富临床经验，具有疑难、危重症救治能力，科室设新生儿、肛肠、肝胆、肿瘤、膈食管等亚专业，在先天性巨结肠、肛门闭锁、食管闭锁、胆道闭锁、肠闭锁、乳糜腹等重大疾病诊治不断创新发展，取得了良好临床效果，微创胸腹腔镜治疗先天性消化道畸形为科室特色，救治方面达到国内先进水平。硬件设施先进齐全。实行无假日门诊，开展胎儿结构畸形产前咨询，有完善院前危重新生儿转运体系。秉承人民至上、生命至上信念，全心全意呵护新生儿健康。

2007年新生儿外科成立，2008年腹腔镜下幽门环肌切开术标志腹腔镜手术开始，逐渐发展新生儿特色疾病微创精准治疗，腹腔镜下十二指肠梗阻、膈疝、先天性巨结肠、胆管闭锁、食管闭锁等手术开展，代表新生儿外科微创技术成熟于发展，2023年新生儿内科、NICU、新生儿外科联合申报获批国家医学重点专科。

科室设立亚专业：新生儿组、胃肠组、肝胆组、肿瘤组，坚持手术的微创化、精准化，急危重症救治率逐年调高，750g早产超低体重儿肠道畸形手术成功救治，标志多学科协作医疗团队综合实力。肝移植患儿成功手术标志技术创新发展。积极学术交流，参加全国食管闭锁、胆道闭锁、短肠综合征等多中心研究。2人进入中华小儿外科专业学组。现有医师10名，其中高级职称4人，博士学历3人。