西安市儿童医院心血管外科成立于2013年，2024年7月与心血管内科整合，正式成立心脏医学中心。中心是一个集医疗、科研、教学为一体的现代化心脏中心，设立独立的专科门诊、住院病房、监护室、心导管室、心电图室和心功能室。中心技术力量雄厚、医疗设备先进。

心血管外科现有医护人员40余名，固定床位40张，重症监护床位14张。科室已成功开展各类先天性心脏病近七千余例。患儿最小体重890g，最小年龄为2天，病种涵盖各种先天性心脏病，包括房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄、法洛氏四联症、右室双出口、右室双腔心、肺静脉异位引流、心内膜垫缺损、肺动脉闭锁、大动脉转位等。

科室在婴幼儿复杂先天性心脏病的综合治疗及低龄、低体重、营养发育差婴幼儿先天性心脏病治疗以及外科微创治疗方面都具有丰富的经验。曾为出生仅19小时，体重1.5kg的完全大动脉转位（TGA）患儿成功施行动脉调转手术（Switch手术），现患儿生长发育正常，是目前西北地区接受心脏手术的患儿中手术年龄最小、体重最轻、效果最好的心脏手术患者。作为儿童专科医院，心血管外科开展的部分病例无论从年龄、体重、还是从手术难度方面均已达到了西北地区的先进水平。

科室还与国内外著名儿童心脏中心，如上海儿童医学中心心脏外科、北京阜外心血管病医院心脏外科、全军小儿心脏病治疗中心济南军区心研所、美国华盛顿国立儿童医院心脏外科、加拿大渥太华总院心脏中心及意大利米兰圣拉菲尔医院心脏外科建立了长期合作交流关系。