中西医结合科是国家中医管理局“十二五”重点专科和陕西省中医重点专科，2024获批中西医协同“旗舰”科室。科室门诊开设于建院初期，病房开设于上世纪70年代。现有科室医师32名，主任医师3名，副主任医师6名，其中博士3名，硕士22名，副主任护师2人，主管护师10人，是一个集医疗、教学、科研于一体的综合性中西医结合优势学科。现为“一科两区”设置，设病床100张（西门院区50张，经开院区50张）。科室中医特色鲜明，临床疗效确切，群众认可度高。由此西安市儿童医院被国家中医药管理局评选为全国综合医院中医药示范单位、全国妇幼保健中医中西结合培训基地、国家妇幼中医药特色建设单位。

科室的优势病种有儿童哮喘、过敏性紫癜、遗尿、厌食、便秘、腹泻、过敏性鼻炎、肌性斜颈、黄疸、肝损害等。采用中西医结合治疗，除口服中药外，还有推拿、中药贴敷（咳喘贴、腹泻贴、清热帖、鼻炎贴、化滞贴、助长贴等）、中药离子导入、耳针、揿针、针灸等治疗。另外通过中医体质辨识仪对患儿体质进行综合测评，针对不同体质的患儿予以优质的个体化中药调理及饮食起居建议。科室技术力量雄厚,同时在每年夏季和冬季，采用中医特色疗法“冬病夏治”、“冬病冬治”之三伏贴、三九贴治疗小儿虚寒性疾病。疗效满意确切，受到广大患儿及家长的好评。

科室拥有一支优秀的中医护理团队，护士长为陕西省中医优秀护理人才。护理团队基本功扎实过硬，除常规的儿内科诊疗操作外，还可开展中医贴敷选穴、中药保留灌肠、耳针、刮痧拔罐等特色中医服务项目。在日常护理工作同时，护理人员不断提升中医护理专科知识，采取治未病方法进行健康宣教，指导患儿家长喂养与日常生活。同时对出院患儿进行追踪随访服务，做到出院后患儿仍能得到护理指导，受到患儿家长的认可和信任。