西安市儿童医院病理科是西北地区最大的儿童专科病理诊断中心。其中西门院区面积260㎡ ，经开院区1500㎡，设置了标本接收处、取材室、制片室、免疫组化室、细胞室、荧光原位杂交实验室、PCR实验室等。

具有LEICA全自动组织脱水机、LEICA冰冻切片机、HRS-24E常规HE染色机、徕卡BOND-MAX自动免疫组化仪、蔡司十人共览显微镜等设备。

现有工作人员15名， 包括医师 10 人，技师 5 人；其中高级职称 3 人，中级职称 6人；博士 1 人，硕士 9 人。年组织病理量1万余例，免疫组织化学抗体150余种，业务范围涵盖中枢神经系统、淋巴造血系统、软组织等。